System znany jako Nil płynie przez kraje Tanzanii, Ugandy, Rwandy, Burundi, Demokratycznej Republiki Konga, Kenii, Etiopii, Erytrei, Sudanu Południowego, Sudanu i Egiptu. Kraje, przez które przepływa Biały Nil to Sudan, Sudan Południowy, Ruanda, Tanzania, Uganda i Demokratyczna Republika Konga. Niebieski Nil przepływa przez Etiopię i Sudan. Główna część Nilu przepływa przez Sudan i Egipt.
Biały Nil jest głównym źródłem rzeki Nilu i zaczyna się w miejscach spotkań rzek wypływających z regionu Wielkich Jezior Afryki. Drugim ważnym źródłem Nilu jest Błękitny Nil, który zaczyna się nad jeziorem Tana w Etiopii. Kiedy rzeki łączą się, powstała rzeka nazywana jest po prostu Nilem. Dodatkowe źródła uważane za część Nilu to rzeka Ruvyironza w Burundi i rzeka Nyabarongo w Rwandzie. Część rzeki, która opuszcza Jezioro Wiktorii w Ugandzie, znana jest jako Nil Wiktoria. W sumie system rzeczny uważany za Nil rozciąga się na 4 388 mil, a ujście rzeki znajduje się wzdłuż egipskiego wybrzeża Morza Śródziemnego. Główne miasta, przez które przepływa to Dżuba w Sudanie Południowym, Kair w Egipcie, Chartum w Sudanie i Jinja w Ugandzie.