Kalcyt występuje w postaci stalaktytów i stalagmitów w jaskiniach, a także występuje w osadach mineralnych w gorących źródłach. Stanowi skorupę organizmów morskich, takich jak małże i szkarłupnie.
Kalcyt znajduje się w skałach osadowych, głównie wapieniu, który składa się ze skorup martwych organizmów morskich.
W jaskiniach wapiennych woda deszczowa ścieka po kamieniach i pobiera dwutlenek węgla i inne minerały z wapienia. Ta kombinacja tworzy wodorowęglan wapnia, który jest w zasadzie rozpuszczoną wersją kalcytu w wodzie. Woda kapie z sufitu i pozostawia za sobą kalcyt, który z biegiem czasu staje się stalaktytem. Stalagmit powstaje, gdy stalaktyt ocieka wodą na dno jaskini, a woda z upływem czasu gromadzi kalcyt w stosie.
Kalcyt występuje w skorupach małży, koralowców, krabów i innych organizmów morskich. Występuje również w twardych częściach czerwonych alg, niektórych rurkowych robakach i niektórych gąbkach. Występuje w skałach wulkanicznych lub skałach płaszcza, takich jak kimberlit, węglan i peridotyt.
Jaskinia Śnieżnej Rzeki w Nowym Meksyku zawiera koryto z białego kalcytu, przypisywane mikroorganizmom i wodzie gruntowej, które z czasem rozpuszczają ściany jaskini.
Największe zarejestrowane dotąd kryształy kalcytu odkryto na Islandii i ważyły około 250 ton.
