Nazwy chorób powodowanych przez pierwotniaki obejmują malarię, biegunkę, czerwonkę i zapalenie jelita grubego. U zwierząt organizmy mogą powodować kokcydiozę i toksoplazmozę. Objawy zakażenia pierwotniakowego obejmują nudności, bóle brzucha i wzdęcia.
Pierwotniaki żyjące w jelicie człowieka mogą zostać przekazane innemu człowiekowi za pomocą środków fekalno-doustnych, takich jak spożycie skażonego jedzenia lub wody. Protozoan w ludzkiej krwi i tkance może być przenoszony przez wektor stawonogów.
Pierwotniaki to jednokomórkowe organizmy, które są zbyt małe, by można je było zobaczyć gołym okiem, a ich zdolność do szybkiego rozmnażania się u ludzi zwiększa ich zdolność do przetrwania. Niektóre pierwotniaki to Cryptosporidium parvum, Isospora belli i Balantidium coli.