Ameby należą do domeny eukarya, protistozy królestwa, pierwotniaka klanu, rizopody klasowej, rzędu amoebida i rodziny amoebidae. To jest naukowa klasyfikacja rodzaju Amoeba, która obejmuje wiele gatunki ameby.
Klasyfikacja żywych istot w biologii nazywa się taksonomią, nomenklaturą lub schematem. Amoeba proteus jest reprezentatywnym przykładem gatunku, którego członkowie charakteryzują się amorficznym kształtem i metodą napędu ułatwioną przez cechę zwaną pseudopod. Ta cecha ameby również odgrywa zasadniczą rolę w żywieniu. Wszystkie protisty, łącznie z amebą, są jednokomórkowymi zwierzętami zawierającymi jądro.
W szczególności, ameby są częścią rodzaju Amoebozoa, jak opisał Max Lühe w 1913 roku. W latach 2002-2003 zostały umieszczone w królestwie Protozoa przez Thomasa Cavaliera-Smitha. Są również klasyfikowane w domenie Eukaryota, jak opisano w 1998 roku przez Cavalier-Smith. Gatunek lub rodzaj został po raz pierwszy opisany w 1822 roku przez Bory'ego de Saint-Vincenta, a następnie został dodany do rodziny Amoebidae. Istnieją cztery główne podgatunki ameb od roku 2014.
