Niektóre wady antybiotyków obejmują nieskuteczność wobec wirusów, potencjalne interakcje między lekami, częste niewłaściwe stosowanie, nadużywanie i potencjalne skutki uboczne. Ponadto powszechne stosowanie antybiotyków może spowodować przekształcenie się bakterii w szczepy odporne na antybiotyki.
Odporność na antybiotyki jest zdolnością bakterii do wytrzymania wysokich dawek antybiotyków i przekazania tej zdolności następnym pokoleniom. Dodatkowo, bakterie odporne na antybiotyki mogą przenosić swoją odporność poprzez plazmidy na inne szczepy i gatunki bakterii. Superbugi to bakterie, które nie reagują już na leczenie antybiotykami. Gruźlica odporna na wiele leków, czyli MDR-TB, jest superbakterią, która powoduje, że od roku 2014 powstaje około 1/2 miliona nowych przypadków.
Antybiotyki czasami powodują interakcje leków, które sprawiają, że lek nie działa, powoduje działania niepożądane lub powoduje uszkodzenie układu biologicznego pacjenta. Mieszanie alkoholu z antybiotykami może zmniejszać ich skuteczność lub powodować mdłości, wymioty i efekty oddechowe. Antybiotyki czasami sprawiają, że pigułki antykoncepcyjne są nieskuteczne. Podejrzewa się, że ryfampicyna działa tak, ze względu na przyspieszony rozkład aktywnych składników pigułki przez wątrobę. Połączenie chinolonu i kortykosteroidów może spowodować uszkodzenie ścięgien.
Niewłaściwe używanie i nadmierne użytkowanie to dwa typowe problemy. W przeszłości lekarze przepisywali antybiotyki przed ustaleniem, czy infekcja była bakteryjna czy wirusowa. Rolnicy i weterynarze nadal używają profilaktycznych antybiotyków u zwierząt hodowlanych, które promują ewolucję superbakterii. Pacjenci często nie przyjmują antybiotyków dokładnie zgodnie z zaleceniami, co pozwala rozwinąć oporne szczepy.
Antybiotyki mogą powodować działania niepożądane, takie jak gorączka, biegunka, nudności, reakcje alergiczne i zaburzenia równowagi fizjologicznej, które prowadzą do wtórnych infekcji.
