Według Penn State College of Agricultural Sciences, główną wadą zmiękczania wody jest potencjalne zagrożenie dla zdrowia ludzi, którzy mają niską zawartość sodu w diecie, ponieważ zmiękczanie wody może zwiększyć spożycie sodu przez człowieka. Ponadto miękka woda nie nadaje się do picia. Ponieważ metale są częściowo rozpuszczalne w wodzie, gdy woda jest zmiękczona, wymywa ona metale z linii wody znacznie agresywniej.
Aquatechnology wyjaśnia, że w przypadku miękkiej wody istnieje duża szansa, że początkowy rysunek zimnej wody z kranu zawiera ponad normalną zawartość ołowiu. W związku z tym zmiękczona woda z kranu nie może być używana do picia ani gotowania. Środki zmiękczające wodę nie są skuteczne w usuwaniu ołowiu i innych metali, chloru i produktów ubocznych chloru.
Ponadto Aquatechnology zwraca uwagę, że chlorkowy składnik chlorku sodu lub potasu w miękkiej wodzie ma poważne konsekwencje dla uwodnienia ludzi i roślin, ponieważ potas i chlorek ograniczają swobodny przepływ wody do komórek ciała. BBC zwraca uwagę, że zmiękczoną wodę należy stosować tylko do prania ubrań.
Zmiękczacze wody są również drogie w eksploatacji, ponieważ tracą do 120 galonów na każde 1000 galonów dostarczonych. Konserwacja to kolejna kwestia. Penn State College of Agricultural Sciences twierdzi, że zwykle trzeba płacić za każdą dodatkową funkcję dla modeli ze specjalnymi funkcjami.