Muzeum Zoologii Uniwersytetu Michigan wskazuje, że głównymi wrogami lub drapieżcami pingwinów cesarskich są gigantyczne petrel, wydmy z Antarktyki, lampartowate foki i orki. Petrelki i wydrzyki, oba zimne ptaki, żywią się kurczątkami w koloniach pingwinów. Szacunki sugerują, że 7 do 34 procent piskląt staje się ofiarami.
Lampart morski poluje na młode pingwiny, gdy wyruszają w morze, ale dorośli cesarze również są celem. Wieloryby zabójcze mają tendencję do podążania za pełnowartościowymi ptakami. Pingwiny cesarskie pilnują drapieżników i ostrzegają innych w swoich koloniach, gdy zbliża się niebezpieczeństwo. Ponadto National Geographic twierdzi, że gdy pingwiny cesarskie są w wodzie, są zdolne do nagłych, krótkich wybuchów prędkości, które pomagają im uniknąć fok.
