Wiele gatunków ptaków tropikalnych, gadów, płazów i ssaków jest zagrożonych. Należą do nich znane zwierzęta, takie jak szympansy z Afryki Środkowej i stosunkowo nieznane zwierzęta, takie jak żaba słonia Australii. Lasy tropikalne są domem dla większej liczby gatunków niż jakikolwiek inny obszar lądowy.
Zagrożone gatunki ptaków tropikalnych to hiacynt i ara Leara w Ameryce Południowej oraz kakadu żółtobrzuchy z Indonezji. Niszczenie siedlisk jest poważnym problemem dla wielu z tych ptaków, ale niektóre z nich, w szczególności hiacyntowa ara, również doświadczyły spadku populacji ze względu na gromadzenie zwierząt w handlu zwierzętami.
Ogólnoświatowe populacje płazów maleją od kilku lat. Zarówno złota żaba z trucizną, jak i złota manty to zagrożone płazy z lasu deszczowego. Przyczyny spadku płazów nie są jasne we wszystkich przypadkach i mogą wynikać z połączenia niszczenia siedlisk, grzybów, zmiany klimatu i zbierania.
Ssaki, takie jak nosorożec jawajski i tygrys sumatrzański, są zagrożone wyginięciem. Obaj są upolowani ze względu na swoje rzekome właściwości lecznicze, ale także stają wobec coraz bardziej rozdrobnionych siedlisk. Gnuśna trójpalczasta lenistwo i pigmejowa trójpalczasta lenistwo to dwa inne zwierzęta, które znikają z ich tropikalnych lasów deszczowych.
