Picie zbyt dużej ilości soku pomarańczowego może niekorzystnie wpływać na organizm. Sok pomarańczowy zawiera naturalną fruktozę lub cukier. Picie kilku szklanek soku pomarańczowego dziennie może prowadzić do zwiększenia masy ciała ze względu na zwiększoną liczbę kalorii w diecie.
Sok pomarańczowy zawiera również kwas cytrynowy, który dotyka ludzi cierpiących na zgagę lub kwaśny ponowny napływ. Może powodować silny ból brzucha i wymioty u osób wrażliwych.
Zbyt dużo soku pomarańczowego może również prowadzić do dny moczanowej u osób podatnych. Dna jest spowodowana nagromadzeniem kwasu moczowego w stawach. Ze względu na wysoką zawartość fruktozy sok pomarańczowy jest jednym z pokarmów i napojów, które mogą prowadzić do nadmiernego stężenia kwasu moczowego w organizmie.