Zespół Downa może wpływać na układ nerwowy organizmu, powodując spowolnienie lub niewydolność nerwów w różnym czasie; może również powodować napady padaczkowe. Chociaż może być szkodliwy dla układu nerwowego, często jest bardziej szkodliwy dla systemów rozwojowych organizmu i innych systemów, które działają, aby organizm prawidłowo funkcjonował.
Zespół Downa ma wiele różnych skutków na organizm. Może wpływać na prawie każdą grupę narządów, ale może wpływać na różne obszary w zależności od konkretnego pacjenta i konkretnej sytuacji, w której uczestniczy pacjent. Najczęściej jest w stanie wpływać na słuch, wzrok, układ krwionośny i systemy kości.
Pacjenci z zespołem Downa są bardziej podatni na choroby serca i mogą być narażeni na ryzyko wcześniejszej choroby Alzheimera. Są one również bardziej podatne na problemy ze słuchem i mogą cierpieć na problemy ze stawami, takie jak zapalenie stawów, w bardzo młodym wieku. Większość osób z zespołem Downa jest zdrowa i jest w stanie nauczyć się funkcjonować w społeczeństwie, ale często mają trudniejszy czas, robiąc to z powodu różnych ograniczeń, które choroba nakłada na ich ciała. Pacjenci z zespołem Downa często pracują dłużej, w tym zadania z zakresu umiejętności motorycznych, niż pacjenci, którzy nie chorują.