Z powodu twardych skorup i grubych skór, dorosłe żółwie pustynne są podporządkowane jedynie przez górskie lwy. Młode żółwie pustynne są znacznie bardziej bezbronne, a jedzą je także lisy, kojoty, zdziczałe psy, szare lisy, bobaty, borsuki, kruki, roadrunner i potwory Gila.
Samice żółwi pustynnych strzegą swoich wrażliwych jaj przez pewien czas, ale kiedy się wyklują, młode żółwie muszą polegać na ich tajemniczym ubarwieniu, aby przeżyć. Żółwie pustynne ukrywają się w norach, gdy nie szukają pożywienia lub partnerów i są zaawansowanymi kopaczami. W ostateczności żółwie pustynne w każdym wieku oddają mocz, by stać się mniej smacznym dla potencjalnych drapieżników.
