Transkrybowane RNA jest oddzielone od pojedynczej nici DNA, które zastosowano jako matrycę, a następnie pocięte na kawałki, które mają ulec translacji na białka, podczas gdy DNA, które powstaje podczas replikacji DNA, pozostaje związane z pojedynczą nicią, aby stać się nową, pełna cząsteczka DNA z podwójną nicią. Transkrypcja RNA i replikacja DNA rozpoczynają się w bardzo podobny sposób.
W obu przypadkach enzym, polimeraza RNA do transkrypcji i polimeraza DNA do replikacji, dzieli cząsteczkę dwuniciowego DNA na środek, tworząc pojedyncze nici. Nukleotydy są następnie wiązane z nukleotydami DNA w sekwencji określonej przez DNA. Wszystkie cztery możliwe nukleotydy dla DNA pasują tylko do jednej z pozostałych czterech.
Pierwsza różnica polega na tym, że podczas transkrypcji podwójna nić DNA jest tylko częściowo rozdzielona, podczas gdy podczas replikacji DNA podwójne nici muszą być całkowicie rozdzielone. Kolejną różnicą jest to, że RNA nie jest identyczny z DNA, mimo że jest podobny. Jeden z nukleotydów RNA jest inny, chociaż nadal jest kompatybilny z parowaniem nukleotydu, który zastępuje. Cięcie powstałego RNA powoduje, że niewykorzystane sekcje, zwane intronami, zostają odrzucone, podczas gdy użyteczne egzony zostają zablokowane wraz z pełnymi instrukcjami budowania cząsteczki białka.
