J.J. Atomowy model atomowy Thomsona został nazwany Modelem Atomowym Śliwki i opierał się na założeniu, że elektrony są ujemnie naładowanymi cząstkami rozproszonymi przez naładowany dodatnio atom. Podczas gdy Thomson miał rację co do istnienia elektronów, był w błędzie gdzie znajdują się w atomie.
Thomson porównał sposób, w jaki elektrony są rozproszone w atomie do rodzynków budyniu śliwkowym. Teoria ta sugerowała, że ładunki ujemne i dodatnie w atomie istniały w tej samej sferze istnienia, ale dopiero w 1911 r. Odkryto lokalizację jądra, w którym mieściły się te ładunki. Człowiek, który odkrył jądro, Ernest Rutherford, był uczniem Thomsona w tym samym czasie i faktycznie testował teorię Thomsona, kiedy dokonał własnego odkrycia: zamiast rozpraszania w całym atomie elektrony krążą wokół dodatnio naładowanego jądra. Gdy Rutherford odkrył, że cząstki w folii były zdolne do odchylenia cząstek H2 + w 1911 roku, model puddingu został odłożony na bok dla modelu Rutherforda. Thomson zrezygnował również z własnego modelu, aby wesprzeć model Rutherforda.
Przez całą karierę Thomsona zajmował wiele pozycji dzięki swoim odkryciom. Dostał rycerstwo w 1908 r. Przez brytyjską rodzinę królewską, a także nagrodę Nobla w 1906 r. Mimo że teoria śliwek Thomsona została obalona, wiele elementów jego odkrycia, takich jak elektrony, było kluczem do znalezienia i zbudowania modelu, który jest używane obecnie.
