Choroby prazoańskie to m.in. amebiaza, afrykański śpiączka i toksoplazmoza. Choroby te różnią się intensywnością, źródłem i czasem trwania oraz mogą wpływać na zdrowie ludzi, roślin i innych żywych organizmów. Niektóre choroby wywołane przez pierwotniaki są względnie łagodne, podczas gdy inne są złośliwe i mogą zagrażać życiu.
Amoebioza jest spowodowana przez grupę pierwotniaków zwaną sarcodina. Organizmy te wydzielają enzymy wchłaniane przez tkanki w ciałach gospodarzy. Amoebioza przenosi się z jednego organizmu na drugi i przemieszcza się między nimi poprzez kontakt z zakażonym kałem. Pokarmy i woda zawierające zanieczyszczone odchody są najczęstszymi metodami przenoszenia, ale kontakt doustny z zainfekowaną fekaliami może powodować rozprzestrzenianie się choroby.
Objawy infekcji obejmują luźne stolce, zapalną jelito grubą i potencjalnie krew w stolcu. Według Med Health Net, lamblioza jest kolejną chorobą wywołaną przez pierwotniaki i jest przenoszona przez zanieczyszczone odchody. Afrykańska choroba nocna jest kolejną chorobą pierwotniaka i jest przenoszona przez muchę tse-tse. Ta choroba dotyka ludzi i zwierząt i jest przenoszona na organizmy przez ukąszenia zarażonych much. Choroba ta powoduje ciężkie objawy u ludzi, w tym nadmierne zmęczenie i objawy neurologiczne, takie jak splątanie, dezorientacja, drgawki, bezsenność, utrata masy ciała i niewyraźna mowa.