Niektóre wady inżynierii genetycznej to ryzyko dla zdrowia, wpływ na środowisko, wpływ na rolnictwo i przemysł oraz kwestie etyczne, które mogą powstawać w oparciu o inżynierię. Wady różnią się w zależności od rodzaju inżynierii genetycznej, która ma miejsce. Inżynieria genetyczna w rolnictwie ma większy wpływ na zdrowie, a inżynieria zwierząt ma większe szanse wpływać na środowisko.
Główną wadą inżynierii genetycznej jest ryzyko, jakie stwarza dla zdrowia. Niektórzy przeciwnicy twierdzą, że rośliny modyfikowane genetycznie są z natury niebezpieczne, ale nie można tego w rzeczywistości zweryfikować, ponieważ wiele danych dotyczących wpływu na zdrowie jest kontrolowanych przez przemysł inżynierii genetycznej. Naukowcy wiedzą, że zagrożenia zdrowotne są obecne. W 1996 r. W Brazylii, aw 1990 r. W Ameryce odnotowano udokumentowane przypadki przetworzonej żywności powodujące reakcje alergiczne, choroby, a nawet śmierć.
Inną wadą inżynierii genetycznej są problemy, które powoduje środowisko. Zmodyfikowane rośliny mogą stać się toksyczne dla dzikiej fauny i flory, które potrzebują pokarmu, aby przetrwać, a inżynieria stworzyła również gatunki chwastów odpornych na pestycydy. Te nowe "super chwasty" mogą dusić uprawy i niszczyć rolnictwo i siedliska.
Pewne problemy etyczne pojawiają się w inżynierii genetycznej. Naukowcy, politycy i naukowcy debatowali nad wykorzystaniem inżynierii w celu poprawy ludzi, zwierząt i roślin. Organizacje takie jak Greenpeace stanowczo sprzeciwiają się stosowaniu inżynierii genetycznej, zgodnie ze stroną internetową Greenpeace, a inne uważają, że inżynieria genetyczna jest kluczem do bezpieczniejszej i bardziej obfitej żywności, a także zdrowszych ludzi i zwierząt.
