Manipulacja genetyczna, zwana także inżynierią genetyczną, odnosi się do zmiany genów organizmu. Polega ona na ręcznym dodawaniu nowego DNA do organizmu w celu dodania nowych cech. Przykłady organizmów genetycznie modyfikowanych obejmują rośliny, które są odporne na pewne owady, rośliny, które tolerują herbicydy i rośliny o zmienionej zawartości oleju.
Inżynieria genetyczna jest wykonywana przez fizyczne przeniesienie genu z organizmu dawcy do organizmu biorcy. Daje organizmowi zdolność do wyrażania cechy kodowanej przez oddany gen. Manipulacja genetyczna polega na znalezieniu organizmu, który naturalnie posiada pożądaną cechę. DNA pochodzi z wybranego organizmu, a pożądany gen jest kopiowany z wyekstrahowanych genów. Nazywa się to klonowaniem genów. Możliwe jest zmodyfikowanie genu nieco w bardziej korzystny sposób, po umieszczeniu go wewnątrz biorcy. Następnym procesem jest transformacja, która polega na dostarczeniu transgenu (nowego genu) do komórek organizmu biorcy.
Powszechnie stosowana technika transformacji wykorzystuje bakterie, które w naturalny sposób inżynierii genetycznej roślin z DNA. Po wprowadzeniu transgenu do bakterii, jest on dostarczany do komórek biorcy. Inżynierowie genetyczni nie mają możliwości określenia miejsca, w którym transgen zostanie wstawiony do genomu, jeśli zostanie w ogóle wprowadzony. Dlatego zwykle wymaga wielu prób uzyskania kilku transgenicznych organizmów. Po stworzeniu transgenicznego organizmu inżynierowie genetyczni wykorzystują tradycyjną hodowlę, aby poprawić charakterystykę produktu końcowego.