Nietoperze żyją w regionach na sześciu kontynentach świata, w lasach, na pustyniach, w miejskiej scenerii, w jaskiniach, a nawet w domach nietoperzy zbudowanych przez ludzi. Ze względu na zdolność do adaptacji, w zasadzie nie ma ograniczeń co do miejsca, w którym nietoperz może żyć.
Istnieje ponad 1300 gatunków nietoperzy, które żyją w różnych klimatach i ekosystemach na całym świecie. Zasiedlają małe przestrzenie, takie jak szczeliny w skałach lub drzewach, a także można je zobaczyć na otwartych przestrzeniach w pobliżu wody słodkiej i przybrzeżnej. Dodatkowo, nietoperze żyją na różnych wysokościach, w tym peruwiańskich górach, a także na poziomie morza, jak na wielu wyspach w południowo-wschodniej Azji. Chociaż siedliska nietoperzy są ekspansywne, nie występują na biegunie północnym ani biegunie południowym.