Pary zasad są utrzymywane razem przez wiązania wodorowe. W zależności od nukleotydów, które składają się na parę zasad, występują dwa lub trzy wiązania wodorowe. Wiązania wodorowe nie są w rzeczywistości wiązaniami, ale znaczącymi siłą przyciągania pomiędzy dodatnio naładowanymi atomami wodoru jednej cząsteczki a ujemnie naładowanym atomem innej cząsteczki.
Wszystkie pary zasad DNA składają się z dwóch nukleotydów. Istnieją cztery możliwe nukleotydy dla każdego miejsca w parze, co oznacza, że istnieje 10 możliwych kombinacji dla pary w sumie. Te cztery nukleotydy to adenina, cytozyna, tymina i guanina, które zazwyczaj reprezentują odpowiednio litery A, C, T i G.
