Jaguar nie ma naturalnych drapieżników, zgodnie z Rainforest Alliance. Ludzie są głównym zagrożeniem dla jaguarów, poprzez kłusownictwo i utratę naturalnych siedlisk.
Jaguary żyją w wielu różnych siedliskach, choć najczęściej występują w dżungli i lasach. Utrata naturalnych siedlisk doprowadziła do zwiększenia kontaktu z ludźmi, którzy zabijają jaguary za swoje futra, chociaż ta praktyka nie jest tak powszechna jak kiedyś. Rainforest Alliance twierdzi, że na wolności jest już tylko 15 000 jaguarów. Jaguary polują również na te same gatunki co ludzie, co zwiększa niebezpieczeństwo kontaktu z ludźmi.