Czarne jaguary i cętkowane jaguary są tego samego gatunku. Ciemny płaszcz czarnych jaguarów występuje z powodu melanizmu - większej niż przeciętna depozycji czarnego pigmentu. Niektóre melanistyczne jaguary mają widoczne plamki, podczas gdy inne są solidnie czarne.
Wiele osób stosuje powszechny termin "czarna pantera" do każdej dużej, czarnej koci. Czarne pantery nie są odrębnym gatunkiem, ale raczej istniejącym gatunkiem, który wykazuje mutację genetyczną "melanizm". Melanizm jest po prostu nadmiarem ciemnego pigmentu i pojawia się w niektórych tygrysach i lampartach, a także jaguarach. W większości kotów melanizm jest cechą recesywną, co oznacza, że kot musi posiadać dwie kopie zmutowanego allelu, aby wykazywać czarne zabarwienie. W jaguarach jednak melanizm jest niekompletnie dominujący. Jaguar z pojedynczą kopią zmutowanego allelu wykazuje ciemniejsze niż średnie zabarwienie, ale nie jest tak ciemny jak w przypadku osobnika z dwoma kopiami. Pomimo dominującej cechy, melanizm występuje tylko w 6 procentach populacji jaguara. Istnieje spekulacja, że melanizm jest bardziej lokalnie powszechny w regionach o gęstszym lesie, gdzie ciemne futro zapewnia lepszy kamuflaż.
Niektóre czarne jaguary są w rzeczywistości pseudo-melanistyczne; "abundism" to kolejna nazwa tej mutacji. Zamiast zwiększenia całkowitego czarnego pigmentu, abundancja powoduje, że oznaczenia są nadmierne. W niektórych przypadkach plamy są tak obfite, że biegną razem, powodując, że pseudo-melanistyczny kot wydaje się całkowicie czarny.
