Skamieniałości można znaleźć w skałach metamorficznych. Jednak skamieniałości są rzadko spotykane w skałach metamorficznych i są zazwyczaj częściowe lub bardzo uszkodzone w wyniku procesu powstawania skał.
Skamieniałości najczęściej występują w skałach osadowych, takich jak piaskowiec, wapień i łupek. Skały te tworzą się w postaci warstw osadów piętrzących się przez długi czas. Rośliny i zwierzęta są zachowane jako skamieliny w warstwach.
Ogromne ciepło i presja z czasem zmieniają te typy skał w skały metamorficzne, takie jak gnejs, łupek i marmur. Te ekstremalne siły zwykle zniekształcają lub całkowicie niszczą wszelkie resztki uwięzione w osadzie. Dlatego naukowcy i paleontolodzy rzadko szukają skamieniałości w metamorficznych formacjach skalnych.