Podobnie jak wszystkie owady, muchy mają mózgi. Ich mózgi składają się z protocerebrum, deutocerebrum i tritocerebrum. Protocerebrum muchy kontroluje jej złożone oczy i okellę, czyli trio prostych oczu znalezione między złożonymi oczami. Ocelli pomaga nawigować muchom.
Deutocerebrum kontroluje anteny zwierzęcia, a tritocerebrum kontroluje część części ustnej muchy. Tritocerebrum pozwala również mózgowi komunikować się z resztą centralnego układu nerwowego muchy.
Inne wiązki nerwów, pod mózgiem muchy, kontrolują inne organy gębowe, skrzydła i mięśnie lotu, a także organy trawienne, rozrodcze i czuciowe.
