Psy Shiba Inu nie są hipoalergiczne. Hipoalergiczne psy mają wytwarzać alergeny w ilościach poniżej normy. Jednak badania wskazują, że takie rasy psów mogą nie istnieć.
Żadne psy nie są całkowicie hipoalergiczne. Jednak niektóre psy są promowane jako mające mniej alergenów lub bardziej kompatybilne z ludźmi, którzy mają alergię, ponieważ mają futro, które nie przyciąga substancji wywołujących alergię. Podczas gdy poziom alergenu jest różny u psa, wariancja ta nie jest oparta na psiej rasie.
Psy Shiba Inu mają podwójny płaszcz z prostym, sztywnym topem i miękkim, grubym dnem. Włosy na twarzach, uszach i nogach są krótkie i gładkie.
