Fragmentacja siedlisk występuje, gdy siedlisko jest zmienione lub rozłączne. W rezultacie istnieje separacja przestrzenna w siedlisku, która redystrybuuje gatunki i organizmy w obrębie siedliska.
Fragmentacja siedlisk może wystąpić naturalnie lub w wyniku działania człowieka. Naturalnie, lodowce, aktywność wulkaniczna, ruchy tektoniczne płyt, wzrost poziomu morza i zmiany klimatu mogą powodować, że siedliska ulegają fragmentacji i chaotyczności. Zdarzenia te mogą spowodować, że niewielkie siedliska, takie jak siedliska mikroorganizmów, ulegną drastycznej zmianie lub mogą wpłynąć na większe siedliska, takie jak duże obszary lądowe. Ludzie również powodują fragmentację siedlisk poprzez budowanie nowych budynków, zmianę krajobrazów i niszczenie lub sadzenie drzew.
