Ponieważ nie mają oddzielnych otworów do reprodukcji i wydalania, tylne jelita otwierające się w systemach wydalniczych rekinów są nazywane raczej kloaczem niż odbytem. W układach pokarmowych rekinów pokarm przechodzi przez jedno krótkie jelito, a następnie zostaje wydalony przez kloaki.
U rekinów pokarm najpierw przechodzi przez przełyk, a przedłużenia przypominające palców zapobiegają ucieczce żywności. Żołądki rekinów mają kształt litery J i stanowią około 20 procent ich długości. Mięśniowe ściany żołądka mają komórki, które produkują kwas solny, który zmiękcza i rozpuszcza kość, oraz śluz chroniący podszewkę żołądka. Krążki mięśni na ściankach brzucha wykonują perystaltykę, aby wymieszać i rozłożyć pokarm. Jelito jest miejscem wchłaniania składników pokarmowych. U ludzi, połączone jelita krótkie i długie mierzą około 28 stóp długości, podczas gdy jelita rekina ma tylko jedną nogę, ale znacznie szerszą. Jelito rekina działa bardzo wolno, aby strawić pokarm. Ludzie mogą unieważnić jedzenie tylko 4 godziny po zjedzeniu, ale u rekinów proces może potrwać od 16 do 17 godzin.
Inną metodą, której rekin używa do unieszkodliwiania odpadów, jest odwrócenie żołądka od środka. Gdy ma niestrawną treść w żołądku, wyrzuca żołądek przez jego usta, płucze żołądek wodą morską i wsuwa go do normalnej pozycji.
