Mikroskop elektronowy ma wyższą rozdzielczość niż mikroskop świetlny, co daje dużo drobniejsze szczegóły badanej próbki. Chociaż mikroskop elektronowy może powiększać próbkę nawet 2 miliony razy, światło Mikroskop jest korzystny podczas oglądania żywych komórek.
Mikroskopia elektronowa wykorzystuje wiązkę elektronów zamiast światła, aby uzyskać powiększenie. Aby to zrobić, elektrony przechodzą przez cienki kawałek próbki. Długości fali wiązki elektronów są znacznie mniejsze niż światło, co pozwala na lepszą rozdzielczość. Ze względu na jego zdolność do osiągnięcia tak ostrych poziomów rozdzielczości, można zobaczyć kształt próbki. Mimo, że skończony szczegół jest korzystny w wielu okolicznościach, próbka oglądana pod mikroskopem elektronowym musi być ustalona podczas przygotowywania, aby struktura nie została naruszona, co oznacza, że okaz nie będzie żył i będzie mógł obserwować tylko jego cechy wizualne.
Funkcje mikroskopii świetlnej na podstawie dyfrakcji. Aby uzyskać powiększenie, światło przechodzi lub odbija się od próbki przed jej przesłaniem przez soczewki optyczne. W pewnych warunkach można obserwować żywe komórki i ich funkcje biologiczne, takie jak spożycie i podział komórek. Widzowie mogą również śledzić białka i obserwować ruchy komórek.