Archaea i bakterie są prokariotami pozbawionymi jąder komórkowych i organelli związanych z błoną, natomiast protisty są eukariotami, które posiadają obie te cechy. Archaea i bakterie są zawsze jednokomórkowe, a niewielka liczba protistów są organizmami wielokomórkowymi.
Archaea i bakterie przechowują swoje DNA w pierścieniach zwanych plazmidami, a obie są otoczone ścianami komórkowymi. Protisty przechowują swoje DNA w określonym jądrze komórkowym. Niektóre grupy protistów, takie jak glony, mają ściany komórkowe; inne grupy, takie jak zwierzęce pierwotniaki, nie mają ścian komórkowych.
Podczas gdy wszystkie archeony i bakterie są jednokomórkowymi organizmami, niektórzy protistowie są wielokomórkowymi organizmami. Wielokomórkowe protisty obejmują wodorosty i inne duże gatunki brązowych alg; wszystkie inne gatunki protistów są jednokomórkowe. Wszystkie trzy grupy obejmują różnorodne gatunki, które uzyskują energię na różne sposoby: przez fotosyntezę, poprzez spożywanie chemikaliów i poprzez spożywanie innych organizmów.
Większość archeonów zużywa chemikalia, ale niektóre gatunki mogą w razie potrzeby przełączyć się na fotosyntezę. Wszystkie gatunki glonów pozyskują energię poprzez fotosyntezę, ale protisty podobne do zwierząt i grzybów zużywają inne organizmy do żywności. Bakterie są reprezentowane we wszystkich trzech grupach i mają bardziej zróżnicowany zakres siedlisk niż archaea lub protisty. Archaea ma najmniejsze siedlisko z trzech grup, żyjących w ekstremalnych środowiskach, które nie mogą wspierać innego życia.
