Nie wszystkie gatunki fok są zagrożone, ale w przypadku wielu zagrożonych gatunków istnieje wiele różnych przyczyn, w tym polowanie, zmiana klimatu i klęski żywiołowe. Populacje wielu gatunków fok stopniowo zmniejszały się w ciągu ostatnich kilkuset lat, ponieważ ludzie zabijali ich miliony za skórę, mięso i tłuszcz.
Zmieniające się środowisko i spadek pokrywy lodowej Arktyki spowodowany zmianami klimatycznymi również zaczął sieje spustoszenie w wielu gatunkach fok, w tym plamistych, brodatych, obrączkowanych i wstążkowych. Zbiorowo znane jako foki lodowe, spadek poziomu lodu morskiego doprowadził do wysokiej śmiertelności szczeniąt foczych, narażając wiele z tych gatunków na wyginięcie.
Rozlewy oleju, zanieczyszczenia i inne czynniki ludzkie również odegrały ważną rolę w zagrożeniu dla wielu gatunków fok. Nowe wirusy zdziesiątkowały również populację niektórych gatunków, takich jak śródziemnomorska pieczęć mnichów, która straciła ponad dwie trzecie swojej populacji w 1997 r. Z powodu wirusa. Niektóre gatunki fok również cierpią z powodu małej dywersyfikacji genetycznej, co utrudnia im przystosowanie się do zmian w ich środowisku.
Śródziemnomorskie foki mnichów są jednym z czterech najbardziej zagrożonych gatunków fok na świecie, wraz z hawajskimi mnichami, pieczęciami Saimaa i foki Lacs de Loups Marins, znanymi również jako foki Ungava.
