Lemury są zagrożone z powodu niszczenia ich siedlisk w tropikalnym lesie. Inną przyczyną jest przyspieszenie wyrębu spowodowane zwiększonym ubóstwem w wyniku zawirowań politycznych w regionach, w których żyje lemur. Polowanie również stanowi zagrożenie dla populacji lemurów.
Spośród 103 znanych gatunków lemur 91% jest zagrożonych. Doprowadziło to do tego, że lemur z Madagaskaru został nazwany najbliższym stanem na granicy wyginięcia przez Międzynarodową Komisję do spraw Zachowania Natury w Dziedzinie Przyrody. W sumie 23 gatunki są krytycznie zagrożone od 2015 r., Pięćdziesiąt dwa są zagrożone, a 19 jest zagrożonych. Lemury są najbardziej zagrożone przez jakąkolwiek grupę kręgowców.
