Thomas Hunt Morgan użył muszek owocowych do badania genetyki z kilku powodów. Po pierwsze, muszki owocowe mają krótki cykl życia, który trwa średnio 30 dni. Oznacza to, że cechy genetyczne mogą być badane przez dziesiątki pokoleń w ciągu roku. Ten szybki cykl reprodukcyjny jest niemożliwy do dopasowania w dowolnym modelu ssaczym, nawet myszy lub szczurów. Po drugie, muszki owocowe wytwarzają ogromne ilości potomstwa.
Samica muszki owocowej może złożyć do 500 jaj w jednej partii. Ponieważ muszki owocówki potrafią ułożyć kilka partii jaj w ciągu całego życia, to jest to 2000 lub więcej potomstwa, o wiele więcej niż jakikolwiek samica ssaka mógłby wytworzyć. Trzecią kwestią są koszty. Kolonie muszek owocowych są niezwykle tanie w utrzymaniu. Przynajmniej wymagają one źródła pożywienia, takiego jak przejrzałe owoce i regulowany termostat. Co ciekawe, muszki owocowe żyją dłużej w niskich temperaturach, ale hodują częściej w temperaturach powyżej 86 stopni Celsjusza.
Dodatkowe zalety używania muszek owocowych stały się oczywiste wraz z upływem czasu. Muchy owocowe zawierają w swoich gruczołach ślinowych cztery pary gigantycznych chromosomów, zwanych chromosomami polietynowymi. Chromosomy te są na tyle duże, że można je zobaczyć pod mikroskopem świetlnym, typem powszechnie stosowanym w tym czasie. Obserwacja ta dostarczyła solidnych dowodów na to, że geny, fizyczne jednostki dziedziczności, znajdują się na chromosomach.
Morgan i jego uczniowie odkryli również, że wiele genów kodujących takie cechy, jak kolor oczu, kształt skrzydła i długość włosia, odziedziczyliśmy razem u większości potomków muszek owocowych. Czasami te grupy łączeniowe, jak je nazywał Morgan, były zakłócane, gdy chromosomy latać mieszały się i dopasowywały części podczas mejozy. Naukowcy określają te skrzyżowania chromosomów jako rekombinację. Proces ten jest głównym źródłem zmienności genetycznej wszystkich gatunków, które rozmnażają się seksualnie.
