Słonowodne krokodyle są zagrożone z powodu utraty siedlisk i działalności człowieka, takich jak nielegalne polowania i kłusownictwo. Słonowodne krokodyle mają niewiele naturalnych drapieżników, ale zwracają uwagę ludzi na ich mięso, jaja i skórę. Rywalizacja o przestrzeń z ludzkimi społecznościami i ich skłonność do ataków na ludzi na ich terytoriach powoduje, że słonowodne krokodyle są celem zabójstw przez ludzi.
Słonowodne krokodyle kwitną w oceanach i morzach w południowo-wschodniej Azji, wschodnich Indiach i częściach Australii. Rozmiary populacji i status zagrożony różnią się w zależności od grupy. Szacuje się, że globalna liczebność populacji wynosi od 200 000 do 300 000 zwierząt. Pomimo ich nazw, te wodne stworzenia zamieszkują obszary słodkowodne oprócz słonych wód.
Podobnie jak wiele innych gatunków krokodyli, ludzie na całym świecie żądają części i produktów od tych krokodyli, szczególnie ich skóry. Nielegalne polowania nadal stanowią ryzyko dla krokodyli, zwłaszcza tych w Australii, pomimo wdrożenia ochrony prawnej. Zgodnie z prawem międzynarodowym krokodyle morskie są objęte ochroną poprzez klasyfikację w dodatku I lub załączniku II. Te wykazy zakazują ich gromadzenia lub zezwalają na ograniczone połowy.
Utrata siedlisk, szczególnie w Australii, zagraża również populacjom krokodyli. Coraz częściej tracą swoje siedliska na ingerencję człowieka i zmianę ziem, głównie w produkcji rolnej. Przekształcanie gruntów na farmy przeszkadza gniazdom lęgowym krokodyli, ponieważ obszary te są niszczone przez bawoły wodne i zwierzęta gospodarskie.
