Różne typy gekonów można rozpoznać po ich wielkości, zabarwieniu, wzorach i oznakowaniach oraz ich naturalnym środowisku. Innymi formami identyfikacji są to, czy gekon może zmienić swój kolor, jego temperament i czy ma palce z samoprzylepnymi poduszkami.
Inne sposoby identyfikowania gekona obejmują to, czy jest on bardziej aktywny w ciągu dnia, czy bardziej aktywny nocą, chociaż większość gekonów jest nocnych. Wiele typów gekonów może rozmnażać się partenogenicznie, a innym sposobem rozróżniania typów gekonów jest czas potrzebny na wyklucie się ich jaj. Kreskowanie może trwać od jednego do trzech miesięcy. Herpetolodzy często badają również pory w skórze gekona, aby określić, jaki to jest typ. Większość typów gekonów może zrzucić swoje ogony, jeśli ich ogony zostaną wyciągnięte, ale niektóre rasy mogą zrzucić swoje ogony do woli, jeśli zostaną zaatakowane.
Niektóre rodzaje gekonów mają bardziej oczywiste cechy odróżniające: latający gekon ma łopatki ze skórą między szyją a nogami, które pomagają mu przesuwać się z drzewa na drzewo, w podobny sposób jak latające wiewiórki, a krokodyl gekon przypomina maleńki krokodyl, ponieważ jego skóra i ogon są pełne kolców.
