Pleśnie należą do królestwa zwanego grzybami. To królestwo jest częścią pięcioklasowego systemu klasyfikacji wprowadzonego przez R.H. Whittakera w 1959 roku, który zapewnia grzyby równego statusu roślinom i zwierzętom. Formy, jak również inne grzyby, są organizmami eukariotycznymi, które są uważane za odrębne od roślin i zwierząt.
Oprócz przynależności do królestwa grzybów, pleśnie można umieścić w kilku gatunkach grzybów, w tym Zygomycota, Ascomycota, Oomycota, Basidiomycota i Chytridiomycota. Zygomycota zawiera pleśń znaleziona na chlebie zwanym Rhizopus stolonifera. Czarne pleśnie znajdują się w typie Ascomycota. Oomyota zawiera saprofityczne formy wodne i pleśń błękitną.
