Zapłodnienie kwiatu odbywa się w jajniku. Pyłek ląduje na żeńskiej części kwiatu, następnie rozwija się łagiewkę pyłkową i zagłębia się w jajniku, gdzie zapładnia to, co ostatecznie staje się nasieniem i owocem rośliny.
Męska część kwiatu zwana jest pręcikiem, i to jest źródłem pyłków. Pyłek może być przenoszony przez wiatr, zwierzęta lub owady, a większość roślin opracowuje adaptacje, które zachęcają miejscowe zwierzęta do przyjścia do nich i przenoszą pyłki. Kobieca część kwiatu ma trzy części: piętno, styl i jajnik. Koniec stygmatu jest lepki, co pomaga utrzymać pyłek w miejscu, dopóki rura pyłkowa nie będzie wystarczająco silna, aby utrzymać ją w miejscu. Rurka pyłkowa niszczy styl, aż dotrze do jajnika, który zawiera owule.
Plemniki są uwalniane do jajnika, gdzie rywalizują o zapłodnienie zalążka. Większość roślin kwitnących zawiera zarówno części męskie, jak i żeńskie i nie ma możliwości zapylenia się, chociaż istnieją wyjątki od obu zasad. Zapylenie krzyżowe lub kwiaty, które są zapylane przez inne kwiaty, wytwarzają bardziej sprężyste potomstwo. Z tego powodu, pylniki są ustawione tak, aby samozapylenie było trudne do osiągnięcia w roślinach kwitnących, które mogą się zapylać.
