Muchy owocowe należą do najmniejszych członków Diptera Zakonu i mają duże, wyraziste oczy złożone, owalne ciała i zestaw czterech skrzydeł, podobnie jak większe muchy. Owoce lecą średnio około 1 milimetr długości, a samice są nieco większe od samców. Bardzo przypominają one wyglądem wiele gatunków much, dzielą ten sam niepowtarzalny kształt ciała, duże skrzydła i wyłupiaste oczy, ale mają kilka kluczowych różnic biologicznych.
Muchy owocowe są biologicznie odseparowane od ich najbliższej rodziny przez ich pektynowe aristeki, które są maleńkimi włoskowatymi strukturami pokrywającymi ich anteny. Muchy owocowe biją skrzydłami szybciej i agresywniej w locie niż ich więksi kuzyni, co daje im charakterystyczny, wysoki dźwięk brzęczenia podczas lotu w powietrzu, niż większość innych much. Jak u innych w Diptera Zakonu, muszki owocowe różnią się kolorem w zależności od gatunku. Niektóre są żywe i żywe, a ich ciała i skrzydła mają barwę jasnopomarańczową, szkarłatną i złotą, a inne ciemnoniebieskie, szare i czarne. Muchy owocowe mają długie anteny, które mogą mieć dwukrotnie większą długość. Anteny te są wyposażone w maleńkie czujniki na końcu, które kierują muchy do swoich zapasów żywności. Muchy owocowe mają nadwymiarowe oczy złożone, podobnie jak większość owadów, które zasadniczo dają im widzenie 3D
