Główne części wód w Missouri to rzeka Missouri, rzeka Mississippi, jezioro Ozarks, rzeka bieżąca, rzeka Chariton i jezioro Taneycomo. Inne godne uwagi zbiorniki wodne to jezioro Pomme de Terre i jezioro Table Rock Lake.
Rzeka Mississippi jest najdłuższą rzeką w Stanach Zjednoczonych. Stanowi granicę Missouri z Illinois, Kentucky, Tennessee i odłamkiem Iowa. Rzeka ułatwiła transport i dostarczała energię wodną i hydroelektryczną mieszkańcom Missouri od wielu dziesięcioleci.
Rzeka Missouri to druga najdłuższa rzeka w Stanach Zjednoczonych. Przecina stan w kierunku od zachodu do wschodu i dołącza do rzeki Missisipi w St. Louis. Missouri, nazywana "Big Muddy" ze względu na mętną wodę, była ciągiem dla odkrywców i pionierów od setek lat. Oddziały Missouri obejmują Cheyenne, Osage, Platte, Mleko i Białe rzeki. Opuszcza Zatokę Meksykańską przez Missisipi.
Jezioro Ozarks jest sztucznym jeziorem utworzonym przez spiętrzenie rzeki Osage. Zbiornik ten jest nie tylko domem dla zapory Bagnell, która zapewnia energię hydroelektryczną, ale także jest znanym terenem rekreacyjnym, który przyciąga turystykę.
