Antybiotyki leczą infekcję zębów, celując i zabijając określone bakterie, które spowodowały infekcję. Często są one używane w połączeniu z fizycznym leczeniem, takim jak leczenie kanałowe lub drenaż ropny, aby zatrzymać infekcję i przywrócić zdrowie zębie.
Antybiotyki oparte na klindamycynie i penicylinach są najczęściej stosowane w leczeniu zakażeń doustnych, w tym amoksycyliny. Penicylina i amoksycylina są zarówno antybiotykami beta-laktamowymi, jak i zabijają niektóre typy bakterii, atakując ściany komórkowe bakterii i nie pozwalając im syntetyzować składników w celu wytworzenia nowych ścian komórkowych. Bez ich ścian komórkowych te gatunki bakterii szybko umierają. Klindamycyna zaburza zdolność niektórych gatunków bakterii do wytwarzania nowych białek, co zapobiega ich wzrostowi. Ludzki układ odpornościowy szybko zabija pozostałe bakterie.
Antybiotyki wraz z innym leczeniem, takim jak kanał korzeniowy, są bardzo skuteczne w usuwaniu infekcji dziąseł i szczęk. Jeśli jednak antybiotyki nie zostaną przyjęte prawidłowo, może dojść do nawrotu zakażenia. Jeśli antybiotyki są nieskuteczne, istnieje ryzyko, że bakterie powodujące zakażenie zębów staną się odporne na tę klasę antybiotyków w przyszłości. Jeśli bakterie staną się oporne na antybiotyki, wówczas następująca infekcja będzie znacznie trudniejsza w leczeniu.
