Hiszpańskie traktowanie rdzennych Amerykanów było słabe. Hiszpańscy odkrywcy uważali tubylców za gorszych. W konsekwencji przymusowo nawracali tubylców na chrześcijaństwo, ograniczali je do niewolnictwa i mordowali.
W 1492 r. Krzysztof Kolumb przybył na wyspę Hispaniola. Po napotkaniu tubylców na nowej ziemi powiadomił królową Izabelę i króla Ferdynanda z Hiszpanii, którzy polecili Kolumbowi, by uczynił tubylców poddanymi Hiszpanii. Marynarzom nakazano humanitarne traktowanie tubylców, a oni mieli być uznani za równych. Królowa nakazała, aby tubylcy nawrócili się na chrześcijaństwo i nauczali europejskich zachowań. Jednak nie upoważniła do niewolnictwa. Kolumb przeciwstawił się tym rozkazom, co ostatecznie doprowadziło do napięć między badaczami a rządem hiszpańskim.
Pierwsze interakcje
Po odkryciu tubylców jednym z pierwszych działań, jakie podjął Kolumb, było zniewolenie ich. Wysłał setki niewolników z powrotem do Hiszpanii, co rozwścieczyło królową Izabelę, która zażądała ich powrotu na Hispaniola. Kolumb zmusił także rdzennych mężczyzn do zbierania złota i zwracania go marynarzom. Jeśli mężczyźni nie osiągną kwoty 90 dni, zostali ukarani śmiercią.
Oprócz nieetycznych praktyk, które badacze przeprowadzili przeciwko tubylcom, przywieźli ze sobą choroby z Europy. Tubylcy, którzy nie mieli odporności na te choroby, często ginęli.
W ciągu 20 lat od wylądowania Kolumba na Hispanioli hiszpańscy odkrywcy rozszerzyli zasięg na inne wyspy karaibskie. Rodzime populacje w Puerto Rico, Jamajce i na Kubie również zostały zmuszone do niewolnictwa. Pod koniec podboju Karaibów rodzime populacje tych wysp zostały praktycznie zniszczone.
Native Encounters w obu Amerykach
Hiszpańska eksploatacja rdzennych populacji stopniowo przesunęła się na zachód, ponieważ odkrywcy kontynuowali poszukiwania srebra, złota i innych cennych zasobów naturalnych. Kontynuowali oni nieludzkie traktowanie rodzimych populacji w Ameryce Południowej, a ostatecznie przenieśli się na północ do Ameryki Północnej. Oprócz zmuszania rdzennych mieszkańców do niewolnictwa, hiszpańscy odkrywcy zmusili ich do przejścia na chrześcijaństwo. Ci, którzy stawiali opór, zostali ukarani przez system o nazwie encomienda, w którym tubylcy zostali przydzieleni do osadników poprzez dotacje gruntowe w ramach umowy. Kiedy osadnicy domagali się kawałka ziemi, dano im również grupę tubylców. Tubylcy przymusowo pracowali na roli, sadząc uprawy i kopalnie dla właścicieli ziemskich. To pozwoliło osadnikom zachować kontrolę nad tubylcami bez zniewolenia ich.
Reformy
Podczas gdy niektórzy księża nawracali tubylców na chrześcijaństwo bez skargi, inni hiszpańscy duchowni byli przerażeni rachunkami przerażającego traktowania, które usłyszeli od tubylców. W odpowiedzi zażądali reform. Jednym z obrońców reformy był Antonio de Montesinos, dominikanin. Jego żądanie lepszego traktowania tubylców spowodowało przejście ustawy Burgos, uchwalonej w 1512 r. Wierząc, że prawa Burgos są nadal zbyt surowe, inny biskup Bartolomé de Las Casas opowiedział się za lepszym traktowaniem tubylców. Przekonywał, że Hiszpania powinna dążyć do nawrócenia tubylców bez przemocy. Uważał także, że tubylcy powinni być wolni od niewolnictwa i zachować prawa do ziemi pod rządami osadników.
W 1500 r. rząd hiszpański wysłał statek do Nowego Świata i zażądał powrotu Kolumba do Hiszpanii.
