Jaszczury, podobnie jak wiele kręgowców, mają płuca i układ oddechowy, który umożliwia im oddychanie. Różnią się od ssaków i ptaków tym, że nie mają mięśnia przepony i zamiast tego oddychają poprzez zginanie mięśni.
Ponieważ muszą oddychać mięśniami, jaszczurki zwykle wstrzymują oddech podczas intensywnej aktywności. Niektóre jaszczury mogą ominąć to ograniczenie, wykorzystując mięśnie gardła do wciągnięcia powietrza do płuc podczas aktywności.
Nie wszystkie gady używają oddychania opartego na mięśniach ciała. Krokodyle i żółwie opracowały różne metody oddychania. Krokodyle mają przeponę, która umożliwia im wdychanie powietrza, podczas gdy żółwie, których ekspansja płuc jest ograniczona przez ich muszle, mają cienką warstwę mięśniową, która leży na ich płucach i rozszerza się i kurczy, aby wprowadzić powietrze.
