Eubakterie rozmnażają się bezpłciowo poprzez binarną fuzję. Fuzja binarna to kompletna replikacja materiału genetycznego bakterii, która powoduje, że jedna komórka rodzicielska dzieli się na dwie identyczne komórki bakterii. Może pojawić się szybko przy jednym rozbiciu co 20 minut, co stanowi niesamowitą zdolność replikacyjną eubakterii.
Na początku binarnej fuzji, materiał genetyczny komórki eubakterii jest kopiowany tak, że powstają dwa zestawy chromosomów. Te dwie kopie chromosomów przemieszczają się do oddzielnych regionów nukleotydów, a błona plazmatyczna zaczyna rosnąć pomiędzy dwiema kopiami. Gdy kopie podwajają swój pierwotny rozmiar, błona plazmowa szczypie razem, oddzielając pierwotną komórkę eubakterii na dwie komórki potomne. Te dwie komórki potomne są niezależne od siebie, ale czasami mogą pozostać połączone. To połączenie tworzy kolonie u niektórych gatunków. Ponieważ komórki wytwarzane w wyniku podwójnej fuzji są genetycznie identyczne, łatwo ulegają zniszczeniu za pomocą antybiotyków. Aby temu przeciwdziałać, eubakterie rekombinują się poprzez koniugację, transdukcję i transformację.
Bakterie to rodzaj eubakterii, a niektóre z nich mają możliwość przejścia w stan uśpienia zwany "zarodnikiem", w którym odpoczywają, dopóki nie przejdą groźne warunki. Zarodniki są odporne na wysoką temperaturę, ciężką suchość, promieniowanie i toksyczne chemikalia.
