Według Muzeum Paleontologii Uniwersytetu Kalifornijskiego grzyby mają cztery główne klasyfikacje: chytrydy, pleśnie, drożdże i worki oraz grzyby klubowe. Każda klasyfikacja różni się przede wszystkim sposobem rozmnażania płciowego, ponieważ wszystkie działy grzybów wykorzystują reprodukcję zarodników w nieco odmienny sposób.
Formalne nazwy tych klasyfikacji to: chytridiomycota (chytrydy), zygomycota (chleby), ascomycota (drożdże) i basidiomycota (grzyby klubowe). Ponadto istnieją dwie grupy polifiletyczne, które nie są uznawane przez społeczność naukową. Są to deuteromycota (aseksualne grzyby, które nie rozmnażają się płciowo) i porosty (symbiotyczne wspólnoty grzybów i alg). Wszystkie te grupy są formalną i nieformalną klasyfikacją grzybów.
