Lizosomy zawierają substancje trawienne, które rozkładają obcą materię. Substancjami trawiennymi w lizosomach są enzymy wytworzone w rybosomach, rodzaje organelli wytwarzających białka i znajdujące się w strukturze nazywanej szorstką retikulum endoplazmatyczną. Enzymy te są pakowane do lizosomów przez inne organelle zwane aparatem Golgi.
Enzymy w lizosomach rozkładają substancje biologiczne, takie jak białka, węglowodany, tłuszcze i kwasy nukleinowe. Substancje te mogą pochodzić ze starej organelli, źródła pożywienia lub obcego czynnika, takiego jak wirus.
Pierwotne lizosomy pochodzą z aparatu Golgiego. Te lizosomy łączą się z fagosomami, aby stać się wtórnymi lizosomami. Fagosomy to pęcherzyki, które powstają, gdy część błony komórkowej komórki otacza i pochłania cząstkę jedzenia. Enzymy trawienne wchodzą następnie do fagosomu z fuzji lizosomu, rozkładając w ten sposób zawartość fagosomu.
