Cyrkon ma cztery elektrony walencyjne, z dwoma na poziomie 4d i dwoma na poziomie 5s. Umożliwia to łączenie z innymi elementami i jonami w różnych konfiguracjach. Ma wartościowości: +2, +3 i +4.
Najczęściej występującym ładunkiem falban cyrkonu jest +4. Podobnie jak aluminium, cyrkon tworzy w powietrzu tlenek ochronny. Jeśli cyrkon jest zapalony, pali się w powietrzu. OSHA ogranicza narażenie pracowników na cyrkon do 5 miligramów na metr sześcienny powietrza ze względu na jego zdolność wchłaniania do organizmu poprzez wdychanie, skórę lub oczy. Cyrkon jest powszechny w budowaniu reaktorów jądrowych, ponieważ nie pochłania on łatwo neutronów. Jest również ważny dla katalizatorów stosowanych w samochodach.
