Liczba elektronów na najbardziej zewnętrznym poziomie energetycznym atomu molibdenu wynosi jeden. Elektrony na najbardziej zewnętrznym poziomie energii lub powłoce określają chemiczne właściwości atomu.
Molibden jest pierwiastkiem chemicznym o symbolu Mo i liczbie atomowej 42. Jego konfiguracja elektroniczna to [Kr] 4d5 5s1, a elektrony na poziom energii 2,8,18,13,1. Układ elektronów w atomie w różnych poziomach energetycznych i podpoziomach nazywany jest konfiguracją elektroniczną i stanowi podstawę współczesnego układu okresowego. Molibden jest klasyfikowany jako metal przejściowy i znajduje się w grupie 6 i okresie 5 układu okresowego.