Jowisz ma suchą, gęstą atmosferę; wiatry o dużej prędkości, turbulencje i długotrwałe burze są powszechne. Pogoda na Jowiszu znacznie różni się od pogody na skalnej planecie, takiej jak Ziemia.
Wiatry w górnej atmosferze Jowisza zostały taktowane podróżując z prędkością ponad 220 mil na godzinę. Naukowcy nie wiedzą dokładnie, jaki jest Jowisz pod chmurami. Jednak większość uważa, że atmosfera ma około 30 mil grubości i zawiera dwie warstwy chmur. Dolna warstwa chmur jest gruba i nieprzejrzysta, natomiast górna warstwa jest cienka i przezroczysta. Nie wiadomo, co kryje się pod gęstymi chmurami, ale większość naukowców wątpi, że Jowisz ma prawdziwą powierzchnię, która tworzy granicę między planetą a jej atmosferą. Możliwe, że "powierzchnia" to gnojówka, zamrożona kula gazów.
Jowisz ma słynną czerwoną plamkę, która przetrwała co najmniej kilka ostatnich lat. Czerwona plamka jest zapisana w praktycznie wszystkich historycznych zapisach od astronomów, którzy badali planetę. Naukowcy podejrzewają, że gigantyczna czerwona plama to rzeczywiście huragan lub tornado na Jowiszu. Jednak ta burza jest znacznie większa niż burze na Ziemi. Czerwona plama kurczy się i rośnie z upływem czasu, ale w największym, zbliża się do 25 000 mil.
