Różnice między pterodaktylem i pteranodonem to ich wielkość, miejsca, w których zostały znalezione i okresy, w których prosperowały. Pterodaktyl pochodził z Afryki i Europy, a pteranodon kwitł w Europie i Ameryce Północnej.
Pterodaktyl żył w okresie późnej jury, czyli około 150 milionów lat temu. Miał rozpiętość skrzydeł do 2 1/2 stóp. Miał krótki ogon, długą szyję i bardzo długie kości w dłoniach podtrzymujących skrzydła. Było wiele gatunków pterodaktyli. Można je rozpoznać po kształcie i wielkości głowy.
Pteranodon był znacznie większym zwierzęciem o rozpiętości skrzydeł ponad 20 stóp. Waży około 37 funtów. Pteranodon kwitł w okresie późnej kredy, który mógł sięgać od 70 do 100 milionów lat temu. W przeciwieństwie do pterodaktyli był bezogonowy i bezzębny. Paleobiologowie uważają, że pteranodon był świetnym szybowcem, który wykorzystał termikę, aby utrzymać go w górze. Różnił się także od pterodaktyla tym, że miał długi grzebień z tyłu głowy. Cel tego grzebienia jest nieznany, ale mógł pomóc w utrzymaniu lotu w locie.