Komórki śródbłonka i komórki mezotelialne różnią się lokalizacją. Linia śródbłonka wyściela naczynia krwionośne i inne naczynia w kształcie rurki, natomiast mezotelium pokrywa zewnętrzną powierzchnię narządów, zgodnie z Centrum Nauki Histologii na Uniwersytecie w Bostonie.
Obie proste komórki nabłonka płaskiego odpowiedzialne są za wyściełanie wolnych powierzchni. Komórki śródbłonka i komórki mezotelium również różnią się stężeniem cytoplazmy. Komórki śródbłonka zwykle mają małą lub zerową cytoplazmę obecną między jądrami. Komórki śródbłonka mają znacznie więcej cytoplazmy między strukturami.
Śródbłonek ma bezpośredni kontakt z krwią i limfą. Komórki śródbłonka mają centralne jądro i leżą na włóknistej błonie podstawnej. Struktura śródbłonka obejmuje wiele zachodzących na siebie komórek, aby zapobiec wyciekowi z naczynia. Śródbłonek można dalej podzielić na ciągły, fenestrowany i nieciągły śródbłonek. Śródbłonek zlokalizowany w naczyniach limfatycznych działa przeciwko infekcji poprzez odprowadzanie płynu śródmiąższowego z komórek i tkanek.
Mesothelium tworzy ochronną osłonę wokół wielu ważnych narządów. Mesothelium jest związane z wewnętrznymi jamami ciała, a nie krwią i limfą. Podobnie jak śródbłonek, mezotelium ma centralne jądro i leży na błonie podstawnej. Komórki śródbłonka dzielą się na różne typy w zależności od lokalizacji i związku organów. Zarówno śródbłonek, jak i mezotelium mają grubość pojedynczej komórki i wywodzą się z mezodermalnej warstwy zarodka.
