Różnica między protoplazmą a cytoplazmą polega na tym, że ta pierwsza obejmuje cytoplazmę i jądro komórki, podczas gdy cytoplazma jest półpłynną substancją znajdującą się poniżej błony komórki. Oznacza to, że różnica jest niewielka , ponieważ oba terminy mogą odnosić się do mniej więcej tych samych składników komórki o różnych poziomach dokładności.
Protoplazma to słowo, które zostało wycofane z użycia we współczesnej biologii z powodu jego w dużej mierze niedokładnego pochodzenia. W dzisiejszych czasach odnosi się tylko do cytoplazmy i jądra, zamiast sugerować, że komórki były jedynie pojemnikami protoplazmy. Współczesna nauka odkryła, że komórki są znacznie bardziej złożone.
Cytoplazma to substancja, która zawiera organelle komórek, które mają jądro, otaczające organelle, takie jak mitochondria, aparat Golgiego i cytoszkielet. Składniki te są częścią komórki w taki sam sposób, jak duże organizmy mają narządy, pełniące funkcje życiowe dla przeżycia komórki. Na przykład, mitochondria produkują energię w postaci trifosforanu adenozyny do wykorzystania w komórce, cytoszkielet zachowuje kształt i strukturę komórki, a aparat Golgiego modyfikuje, pakuje i sortuje białka w celu późniejszego transportu do miejsc docelowych.
