Środki przeciwbakteryjne obejmują szeroką gamę leków, które zabijają patogeny, czynniki wywołujące chorobę. Celują w bakterie, grzyby, wirusy i pasożyty. Antybiotyki zabijają bakterie, przeciwgrzybicze zabijają grzyby, antywirusy zabijają wirusy, a przeciwpasożytnicze zabijają pasożyty.
Antybiotyki są najbardziej znanymi środkami przeciwdrobnoustrojowymi. Należą do nich leki takie jak penicylina, tetracyklina i azytromycyna. Amantadyna i oseltamiwir są środkami przeciwwirusowymi użytymi przeciwko grypie, podczas gdy acyclovir leczy choroby wywołane wirusem opryszczki. Leki przeciwgrzybicze obejmują mikonazol, który leczy gęste infekcje drożdżowe, i klotrimazol, który leczy atletyczną stopę. Wreszcie, środki przeciwpasożytnicze obejmują leki, takie jak itazoksanid, który leczy zakażenia za pomocą Giardia lamblia.
Odporność na antybiotyki jest ważnym czynnikiem w leczeniu chorób zakaźnych, ale dotyczy wszystkich środków przeciwdrobnoustrojowych. Oporność pojawia się, gdy patogen zmienia się i nie reaguje już na lek przeciwdrobnoustrojowy. Innymi słowy, lek nie zabija już wcześniej wrażliwego patogenu. Przyczyny oporności obejmują niewłaściwe przepisywanie leków przeciwbakteryjnych i niewłaściwe stosowanie leków przeciwdrobnoustrojowych po ich przepisaniu.
Przykładem niewłaściwego przepisywania byłoby pisanie recepty na antybiotyki dla pacjenta z infekcją wirusową. Antybiotyki są skuteczne tylko przeciwko bakteriom, a nie wirusom. Przykładem niewłaściwego stosowania nie byłoby ukończenie kursu antybiotyków, ponieważ objawy zakażenia ustąpiły po kilku dniach.