Większość kolonii bakteryjnych hodowanych w płytkach z pożywką hodowlaną ma zazwyczaj biały, kremowy lub żółty wygląd i jest względnie okrągła. Niektóre kolonie mogą jednak wykazywać niezwykłe cechy. Kolonie grzybów, takie jak pleśnie lub grzyby, które powodują stopę atlety, są zazwyczaj duże, rozmyte i stają się innym kolorem, gdy wyrastają na zewnątrz ze swoich centrów.
Specyficzne cechy kolonii określane są jako morfologia kolonii, która pomaga w identyfikacji gatunku. Oprócz podstawowych cech, niektóre kolonie można zidentyfikować za pomocą nieregularnej, nitkowatej lub kłączowej postaci.
Obrócenie naczynia hodowlanego na bok umożliwia obserwatorowi odnotowanie, czy elewacja lub przekrój kolonii jest podniesiony, wypukły, płaski, garbkowaty lub kraterowy. Dodatkowym czynnikiem identyfikującym jest nieprzezroczystość; kolonia może być przezroczysta, półprzezroczysta, nieprzejrzysta lub opalizująca.
